根据手、足、口等部位典型皮疹即可作出HFMD临床诊断，流行病学接触史有助于诊断，临床诊断病例中符合下列之一，即为实验室诊断病例：
1、粪便标本、咽拭子标本病毒分离阳性率远高于对照人群;
2、肠道病毒型特异性中和抗体滴度≥1∶256;或恢复期血清中肠道病毒型特异性中和抗体较急性期有4倍或4倍以上增高;
3、在病变组织中如脑脊液或疱疹液中分离到病毒;
4、自病人血清、脑脊液或疱疹液等标本中检测到病原体核酸。
